Renommer un champ de métadonnées #

Présentation #

Les métadonnées décrivant les échantillons sont stockées dans un champ au format JSON. S’il permet une grande souplesse (possibilité de rajouter des champs très facilement), il a également ses propres limites.

L’éditeur utilisé dans le logiciel pour modifier les métadonnées va réécrire complètement le contenu du champ JSON. Si celui-ci contenait au préalable un champ inconnu dans le modèle, celui-ci va être perdu. Pour arriver à modifier le nom d’un champ, il faut donc procéder en plusieurs étapes.

Imaginons que nous souhaitions renommer le champ “espece” en “species”.

Première étape : renommer le champ dans la base de données #

Avec un éditeur SQL, nous allons d’abord vérifier l’opération de renommage avant de l’exécuter :

select sample_id, metadata, metadata -> 'espece',
jsonb_insert(metadata::jsonb, '{"species"}'::text[],  (metadata->'espece' )::jsonb) - 'espece'
from col.sample 
where metadata ->>'espece' is not null;

La requête permet de rajouter un champ “species” dont le contenu est ’espece’ (jsonb_insert), puis de supprimer le champ ’espece’ (- ’espece’).

Pour mettre à jour les données, il suffit de modifier la requête ainsi :

update col.sample 
set metadata = jsonb_insert(metadata::jsonb, '{"species"}'::text[],  (metadata->'espece' )::jsonb) - 'espece'
where metadata ->> 'espece' is not null;

Seconde étape : modifier le ou les modèles de métadonnées correspondants #

Dans le logiciel, modifiez les modèles de métadonnées pour renommer le champ ’espece’ en ‘species’.

Vous pouvez visualiser rapidement la liste des modèles de métadonnées qui contiennent le libellé concerné :

select metadata_id, metadata_name, metadata_schema
from col.metadata
where metadata_schema::text like '%espece%';